Scheepvaart
Door de geulen van de Waddenzee en het Eems-Dollard estuarium varen vrachtschepen, veerboten, vissersboten, andere bedrijfsvaartuigen en pleziervaartuigen. Het Ministerie van Verkeer en Waterstaat is verantwoordelijk voor een goed beheer van de vaarwegen en de scheepvaart. De belangrijkste scheepvaartroutes gaan in de richting van de havens van Harlingen en Delfzijl, hierbij gaat het vooral om het vervoer van goederen. Passagiers worden vooral vervoerd van en naar de eilanden.
Elke scheepvaartbeweging door de Waddenzee wordt geregistreerd. Dat gebeurt met het IVS90-systeem, dat in 2005 op de hele Waddenzee werd ingevoerd. Dit systeem wordt ook gebruikt voor de registratie van scheepvaart op de Nederlandse binnenwateren.
Vaarwegmarkering
De Waddenzee is een gebied dat voortdurend in beweging is. Hierdoor kunnen vaarwateren en -geulen verlopen. Daarom moet de markering regelmatig mee verlegd worden. De Verkeerscentrale Brandaris en de Zeeverkeerspost Schiermonnikoog zijn op de hoogte van alle markeringsveranderingen op de Waddenzee.
Vaargeulen op diepte
Een veilige en vlotte vaart is heel belangrijk voor de economie, recreatie en veiligheid. Rijkswaterstaat houdt de vaargeulen daarom constant op diepte. Ook het onderhoud van de aanlegplaatsen voor de veerboten en het markeren van de vaarwegen met boeien is in handen van Rijkswaterstaat.
Informatiegids Loodswezen Zeehavenregio Noord-Nederland
Deze gids (pdf, 4.3 MB) geeft informatie over de procedures en randvoorwaarden om een certificaat te krijgen dat recht geeft op vrijstelling van de loodsplicht in de zeehavenregio Noord-Nederland. Het gaat om de gebieden: Delfzijl-Eemshaven. En Den Helder - Harlingen - Terschelling. De Engelse term voor het certificaat is "Pilotage Exemption Certificate" (PEC).