Defensie
In het Waddengebied vinden verschillende militaire activiteiten plaats. Het ministerie van Defensie beheert verschillende oefenterreinen waar de krijgsmacht kan oefenen. Een deel van deze terreinen ligt in het waddengebied. Het gaat om oefen- schiet- en vliegactiviteiten van de Koninklijke Landmacht en Luchtmacht en om amfibische oefeningen van de Marine. Vaak zijn de terreinen ook geschikt voor recreatief medegebruik.
In de Agenda voor het Waddengebied: De afgelopen decennia zijn de militaire activiteiten in het Waddengebied verminderd. Hierdoor is de druk op de Waddennatuur op verschillende plaatsen afgenomen. Ook op andere manieren neemt de druk door militaire activiteiten af, bijvoorbeeld door de verlichting van militaire terreinen te verduurzamen. Voor de meeste militaire vliegbewegingen geldt inmiddels een minimale vlieghoogte van 450 meter (1500 ft). Naast verduurzaming van de activiteiten van Defensie in het Waddengebied, is de ambitie om de impact van de activiteiten van Defensie op de natuur in het Waddengebied verder te verminderen, ook bij een eventuele toename van Defensie activiteiten.
In het Waddengebied liggen verschillende schiet- en oefenterreinen van het Ministerie van Defensie en vinden verschillende militaire activiteiten plaats. Het gaat om oefen-, schiet- en vliegactiviteiten van de Koninklijke Landmacht en Luchtmacht en om amfibische oefeningen van de Marine. In het Waddengebied zijn schiet- en oefenterreinen op Breezanddijk (halverwege de Afsluitdijk), Schietterrein op de Vliehors (op Vlieland), Schietbaan en oefenterrein Marnewaard, en vinden marine oefeningen plaats in de Westelijke Waddenzee.
Op de oefenterreinen van Defensie wordt gebruik gemaakt van munitie. De Landmacht houdt exact bij hoeveel munitie er wordt verschoten bij haar oefeningen. Dit is nodig om te kunnen nagaan of na de oefening alles ook daadwerkelijk is opgeruimd.
Na elke schietperiode in de Marnewaard wordt door het Ministerie van Defensie in de Waddenzee munitierestanten geruimd. De kogelvanger aan het eind van de schietbaan houdt een klein deel van de ketsende projectielen niet tegen. Daarom worden regelmatig zoekacties gehouden op het wad. Het resultaat van de zoekacties is sterk afhankelijk van de weersomstandigheden en de omstandigheden ter plekke.
Vanwege schietoefeningen door NATO-vliegtuigen op de schietrange de Vliehors en boven de Noordzee, staan dagelijks de Search and Rescue (SAR)-helikopters van de Koninklijke Luchtmacht klaar op Vlieland. Elke werkdag vinden helikoptervluchten plaats vanaf de vliegbasis Leeuwarden naar het opstappunt op Oost-Vlieland. De helikopters maken zoveel mogelijk gebruik van een vaste route.
De helikopters worden ook van tijd tot tijd ingezet voor ziekenvervoer (van burgers) van de Friese waddeneilanden naar de diverse ziekenhuizen op de vaste wal. Met name in de zomermaanden is dit regelmatig nodig. Hierbij maken ze meestal gebruik van een vaste route.