Huidig beheerplan Waddenzee
Het Natura 2000-gebied Waddenzee heeft als hoofddoelstelling een duurzame bescherming en ontwikkeling als natuurgebied, met diverse andere functies. Het beheerplan maakt duidelijk wat de vrijgestelde vergunningplichtige activiteiten met specifieke voorwaarden zijn.
Het ministerie van Landbouw, Visserij, Voedselzekerheid en Natuur (LVVN) wijst, volgens Europese richtlijnen, habitattypen en habitatsoorten. Habitatsoorten zijn kwetsbare dieren en planten die beschermd moeten worden. Doelstellingen voor soorten zijn veelal gericht op instandhouding van de populatie. Een habitattype is een natuurlijk leefgebied van flora en/of fauna. Doelstellingen voor habitats zijn veelal gericht op de kwaliteit en het oppervlakte van het leefgebied. Daarnaast is er een aparte richtlijn voor vogels waarin soorten vogels zijn aangewezen voor Natura 2000.
Het ministerie van Infrastructuur en Waterstaat (IenW) is verantwoordelijk voor het treffen van maatregelen om deze doelen te halen.